لیگ دسته سوم در فصل ۹۸/۹۹ روز دوشنبه ۷ مهرماه به پایان رسید و ۴ تیم صعود کننده به لیگ دسته دوم و تیم های ابقاء شده در مرحله نهایی لیگ سه و همچنین تیم های سقوط کننده نیز مشخص شدند که اسامی و وضعیت تیم ها به شرح ذیل میباشد:
چهار تیم صعود کننده به لیگ دسته دوم کشور در فصل ۹۹/۰۰:
ویستا توربین تهران ، محتشم تبریز ، شاهین بندرعامری بوشهر ، عقاب تهران
تیم های ابقاء شده در مرحله نهایی فصل آینده لیگ دسته سوم کشور:
تازان تهران ، مهاجر نوین مشهد ، ۰۴ نزاجا بیرجند ، شهدای نوین ساری ، پیشگامان فنون پارس تهران ، بویر احمد یاسوج ، سپاهان نوین ایذه ، برق ۳ فاز شیراز ، شهرداری نوشهر ، پاس گیلان ، فرهنگ ایثار آستارا ، سپاهان نوین اصفهان ، پاراگ تهران ، ذوالفقار کاشان ، یزد لوله ، استقلال شوش ، جوان نوین ساری
تیم های سقوط کننده به مرحله اول فصل ۹۹/۰۰:
کیان تهران ، ستاره سرخ کاشان ، نگین سناباد مشهد ، دماوند آمل ، خلیج فارس میناب
همچنین تیم های مقاومت نوین تهران ، شهرداری اردبیل ، استقلال اهواز ، اروند خرمشهر و آذرآب اراک نیز به دلیل عدم حضور در دو مسابقه متوالی به دو رده مسابقاتی سقوط داده شدند.