با این که کیروش احتمالا بهترین سرمربی تاریخ تیم ملی ایران (تا به حال) بوده، شاید حتی جدیترین مدافعان و حامیان کارلوس هم نتوانند از برخی خصوصیات اخلاقی و رفتاری او دفاع کنند.
به عنوان مثال مرد پرتغالی استعداد عجیبی در «نبخشیدن» دارد و معمولا خیلی اهل کنار گذاشتن کدورتها نیست. آخرین مصداق این ماجرا هم داستان اختلاف او با برانکو ایوانکوویچ بود که اگرچه مدتهاست کمرنگ شده اما کیروش همچنان رگههای آشکاری از آن را بروز میدهد. کارلوس قرار نبود بازیکنان پرسپولیس را برای مسابقات مقدماتی جامجهانی به اردو فرا بخواند اما با عقبنشینی ضمنی برانکو و البته وساطت بزرگان، نهایتا از تصمیمش منصرف شد.
مهدی طارمی به عنوان یک بازیکن پرسپولیس گلهای پیروزیبخش تیم ملی در هر دودیدار برابر قطر و چین را به ثمر رساند. با این وجود کیروش هنوز به طور کامل با برانکو کنار نیامده و گاه و بیگاه این مساله را نشان میدهد.
سرمربی تیم ملی فوتبال کشورمان در این سالها یک عادت خاص پیدا کرده و آن هم تبریک گفتن به مربیانی است که با تیمهای باشگاهیشان به موفقیت دست پیدا میکنند. او پارسال وقتی استقلال خوزستان قهرمان لیگ پانزدهم شد پیام تبریک بسیار صمیمانهای برای این تیم نوشت و مشخصا از عبدالله ویسی نام برد. با این وجود وقتی امسال پرسپولیس به شکل قاطعانه قهرمانی لیگ برتر را جشن گرفت، کیروش ترجیح داد در پیام تبریکش فقط از بازیکنان یاد کند و کوچکترین اشارهای به شخص برانکو و یا حتی کادرفنی نداشته باشد! حالا اما او در واکنش به قهرمانی نفت تهران در جام حذفی دوباره به همان رویه قبلی برگشته و در پیامی که منتشر کرده، علی دایی را محور قرار داده است. در پیام تبریک مربی پرتغالی میخوانیم: «دوستان عزیز، اجازه دهید پیام ویژهای بفرستم به علی دایی و نفت تهران بابت قهرمانی در جام حذفی. دستاور بزرگی بود. تبریک!» با این اوصاف کاملا مشخص است که دل مربی پرتغالی با برانکو صاف نشده. به نظر میرسد جدل آنها در حال حاضر حکم آتش زیر خاکستر را دارد و در اولین فرصت دوباره شعلههای خشم زبانه خواهد کشید.