مراسم قرعه کشی مرحله دوم و نهایی لیگ دسته سوم کشور در فصل ۹۸/۹۹ با حضور سرپرستان و عوامل برگزار کننده مسابقات عصر روز شنبه در روابط عمومی سازمان لیگ برگزار شد و بعد از انجام قرعه کشی تیم های حاضر رقیبانشان برای کوران رقابت ها شناختند بر اساس قرعه کشی انجام شده تیم ها در ۳ گروه ۱۰ تیمی بر اساس موقعیت جغرافیایی تقسیم شدند که این گروه ها به شرح ذیل اعلام شد
گروه اول:
۱- پاراگ تهران
۲- تازان تهران
۳- کیان تهران
۴-ویستا توربین تهران
۵- مهاجر نوین مشهد
۶- فجر مشهد
۷- ۰۴ نزاجا بیرجند
۸- ستاره سرخ کاشان
۹- شهروند ساری
۱۰- شهرداری نوشهر
گروه دوم:
۱- نماینده مازندران(پیشگامان فنون پارس تهران)
۲- مقاومت نوین تهران
۳- عقاب تهران
۴- دماوند آمل
۵- شهید مولایی قراخیل
۶- آذر کوثر تبریز(محتشم تبریز)
۷- شهرداری اردبیل
۸- پاس گیلان
۹- ذوالفقار کاشان
۱۰- فرهنگ ایثار آستارا
گروه سوم:
۱- استقلال شوش
۲- استقلال اهواز
۳- سپاهان نوین ایذه
۴- سپاهان نوین اصفهان
۵- شاهین بندر عامری
۶- پویندگان تلاش مرودشت
۷- تامرادی کهگیلویه و بویراحمد
۸- خلیج فارس میناب
۹- آذراب اراک
۱۰- یزد لوله یزد
همچنین گفتنی است هفته نخست این رقابت ها ۲۶ آذر ماه آغاز خواهد شد