او نمایش بسیار بدی در استقلال داشت و از سوی علیرضا منصوریان در فهرست فروش استقلال قرار گرفت. فرشید باقری پس از این اتفاق ترجیح میدهد مصاحبه نکند، ولی در جایی درددل کرده و حرفهایی به زبان آورده است. باقری درباره عملکردش در استقلال گفته است: «نمیدانم چرا در این تیم نتوانستم نمایش خوبی داشته باشم. زمانی که در صبا بازی میکردم علی دایی بارها گفت میتوانم بهترین هافبک دفاعی لیگ شوم. آنجا احساس راحتی میکردم چون آزاد بودم. اینقدر اعتماد به نفس داشتم که حتی در 18 قدم خودی دریبل میزدم، ولی در استقلال این آزادی را نداشتم.» باقری همچنین گفته: «از سویی بازی در استقلال برای من بسیار پرفشار بود.»
حالا سوال مهمی که درباره وضعیت باقری مطرح میشود این است که او به چه باشگاهی میرود؟ باقری به احتمال فراوان سر از نفت تهران در میآورد؛ چراکه دایی علاقه زیادی به سبک بازی او دارد. باشگاه نفت در فصل نقل و انتقالات به احتمال فراوان ایمان مبعلی را به استقلال میدهد و شاید در این بین از آبیها باقری را بخواهد. باید دید آیا این اخبار درست از آب در میآید یا نه.