ستاره خط میانی استقلال در لیگ شانزدهم، نه در بازی رفت برابر نفت حضور داشت و نه در بازی برگشت می تواند برابر تیم دایی قرار بگیرد. او بازی با نفت در جام حذفی را هم از دست داد.
اسماعیلی در هفته اول لیگ برابر نفت بازی نکرد. آن روزها منصوریان اعتقادی به او نداشت و فکر می کرد فرشید باقری، یک تنه همه کار می کند. به همین دلیل اصلا نام اسماعیلی در لیست 18 نفره برای افتتاحیه فصل قرار نگرفت.
اسماعیلی در بازی برگشت هم حضور ندارد. او با اخطاری که در بازی با سپاهان گرفت، اولین بازیکن محروم استقلال در این فصل شد. او تنها بازیکن تیم منصوریان است که 3کارته شده و به همین دلیل نمی تواند غیبت در بازی رفت را در بازی برگشت جبران کند.
اسماعیلی در بازی جام حذفی هم حضور نداشت. او با گرفتن اخطار در دو بازی قبلی استقلال در یک شانزدهم و یک هشتم برابر مس و صبا در ورزشگاه آزادی، از بازی یک چهارم برابر نفت محروم شد.